Az új templomot a Pannonhalmi Területi Apátsághoz tartozó Szent Anna Lelkészség hívei számára építették, és az „Isteni Irgalmasság" nevet kapta. A Balázs Mihály Kossuth és Ybl-díjas építész tervei alapján épült templom alapkövét 2008. júliusában tették le. A templom építését a hívek adománya és a Pannonhalmi Főapátság támogatása tette lehetővé.

Mivel a kismegyeri Szent Anna-kápolna mindössze hatvan főt tud befogadni, és bővítése az azt körülölelő temető miatt nem volt lehetséges, ezért az egyházközség új templom építését határozta el. Ezt a kezdeményezést dr. Várszegi Asztrik püspök-főapát és a bencés közösség kezdettől fogva felkarolta és támogatta. A főapát kezdeményezésére létrejött a Kismegyeri Templomépítő és Fenntartó Alapítvány.

A templomépítéssel kapcsolatos gyakorlati munka 2004 februárjában kezdődött, amikor tervpályázatot írtak ki, a tervezés jogát végül Balázs Mihály budapesti építész nyerte el. A kiviteli tervek 2006 szeptemberére készültek el.
A tervek szerint, s most már megépülve is, a templom élő kapcsolatot tart a domb tetején álló barokk kápolnával. Megbecsülve annak történelmi és egyházi hagyományait, alázattal lemond a saját toronyról, s engedi, hogy perspektivikusan a kápolna tornya szolgáljon az új templom tornyaként is. - fogalmazott beszámolójában Bartók Ferenc plébános.

A jövőben a templomhoz egy plébániaépület is kapcsolódik majd, mely közösségi házként szeretne fennállni. A templommal épült meg az urnafolyosó is, mellyel a temető szűkösségét enyhítik. A templom építése 2007 őszén kezdődött, alapkövét 2008. július 3-án Várszegi Asztrik főapát tette le.

A templom 345 négyzetméteres, befogadóképessége 280-300 fő (180 ülőhellyel). Az építkezés összköltsége mintegy 150 millió forint volt, amelynek nagy része adomány.

Érdekesség, hogy a bencések több mint 200 éve építettek utoljára templomot. Győrben utoljára több mint 20 éve épült templom, a Szentlélek-templom Győr-Marcalvárosban. A vasárnapi ünnepségen, amelyen közel ötszázan vettek részt, Simon Róbert Balázs győri alpolgármester, a városrész önkormányzati képviselője Reményik Sándor Templom és iskola című versével hangsúlyozta: Győr-Kismegyeren megmaradt az általános iskola, és elkészült a közösség új temploma is. A politikus az ünnepség keretében Győr Város Ezüst Emlékérmét adta át Várszegi Asztrik püspök-főapát és Bartók Ferenc plébános részére odaadó a templomépítésben vállalt áldozatkész és odaadó munkájuk elismeréseként.